当企业遗失了建筑行业建筑工程乙级资质证书时，可以按照以下步骤进行补办：

准备资质补办报告：首先需要准备一份正式的资质补办申请报告，报告中应详细说明资质证书遗失的情况，并表达补办的请求。

发布遗失声明：在省级以上的报纸或建设信息网上发布遗失声明，声明原资质证书作废。这一步是为了防止有人利用遗失的证书进行非法活动。

提供遗失情况的说明或有效证明：除了发布遗失声明外，还需向相关部门提交遗失的具体情况说明或相关证明材料，以证实证书确实遗失。

获取市级建设行政主管部门意见：联系当地的市级建设行政主管部门，获得他们对补办资质证书的同意意见。

提交已审批的《建筑业企业资质申请表》：如果有之前已经审批通过的《建筑业企业资质申请表》，则需要将其一同提交给负责处理资质补办的部门。

携带必要的文件：前往指定的办理地点（如当地住建局的服务窗口），携带《资质申请表》、遗失声明的原件、未遗失的资质证书复印件（如果还有其他级别的资质证书的话）、法定代表人的委托书、办事员的身份证等必要文件。

等待审批：提交完所有必要的文件后，等待相关部门的审批。一旦审批通过，就可以领取新的资质证书了。